Авторы, подскажите - а вообще не проходить уровень и не получить за это штраф, это нормально? Не сильно стыдно перед командами, уровень проходившими? 3-ри команды не прошли 6 уровень и вообще его не проходили, а по итогу в финальном вообще красиво смотрятся. Или это была такая идея?

Стыдно или нет спросите у них сами. Видимо для этих команд уровень был очень сложный, даже не проходим, а может это просто хитрость такая.

Ну исходя из того, что есть всего 2 места - первое и остальные - то как бы и похер, но на месте организаторов я бы на будущее записал себе в блокнотик - добавить штраф за автопереход равный максимальному штрафу, который можно взять на этом уровне, +10% от этого времени. Чтобы неповадно было.
Команды в принципе ничего не нарушили - они видели, что штрафа не будет, и сразу поехали на финиш. Это их право. Но саму ситуацию создали организаторы. Просто пометьте на будущее.